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=== ベイブリッジ爆破～幻の空爆 ===
[[機動警察パトレイバー the Movie|「方舟」の一件]]から3年後の[[2002年]][[冬]]。かつての特車二課第2小隊は、隊長の後藤と山崎を除いて新しい職場に異動し、それぞれの日々を送っていた。そんなある日、[[横浜ベイブリッジ]]で爆破事件が起こる。当初は[[自動車爆弾]]かと思われたが、[[自衛隊]]の[[支援戦闘機]]・[[F-2 (航空機)|F-16J]]らしき飛行機から放たれた一発の[[ミサイル]]によるものであることがテレビによって報道される。

事件に関する様々な情報が錯綜する中、南雲と後藤の前に[[陸上幕僚監部|陸幕]][[情報本部#沿革|調査部別室]]に属する「荒川」と名乗る男が現れ、ベイブリッジを爆撃したのは自衛隊機に見せかけた、擬装情報に誘導された[[アメリカ軍|米軍]]機であることを語る。元々この事件は、アジアの軍拡競争にも危機感を示さない日本を憂う国防族や[[アメリカ合衆国|米国]]勢力のグループ<ref group="注釈">国防族議員、自衛隊幕僚OB、アメリカの軍需産業、米軍内の一部勢力などで構成される。</ref>が立てた軍事的茶番劇であり、実際に空爆を行う意思はなかった。荒川は、その茶番劇を利用し、ベイブリッジを本当に空爆するよう改変した容疑者としてグループの創立以来のメンバーである「柘植行人（つげ ゆきひと）」という人物を捜索していた。[[日本国政府|日本政府]]は米軍から報告された真相の公表を迷っており、表立って[[日本の警察|警察]]の協力を仰げない状況下で荒川が目を付けたのが、各方面にパイプを持つ後藤であった。

荒川の真意を掴みかねる後藤は話を断ろうとするが、そこに[[航空自衛隊]][[三沢基地]]所属のF-16J三機が爆装して発進し、[[首都圏]]へ向け南下中との急報が届く。[[百里飛行場|百里基地]]と[[小松飛行場|小松基地]]から要撃機が急行したが、先んじて接触した百里所属機は三沢所属機を捕捉できない。しかし、百里所属機から[[射出座席|ベイルアウト]]信号が発せられてレーダー反応が消失したことで、三沢所属機に対する撃墜命令が下される。命令を受けた小松所属機は三沢所属機にロックオンしたが、その矢先、突如として三沢所属機のレーダー反応が消失し、撃墜されたはずの百里所属機が再び交信に応じた。当初から三沢所属機は発進しておらず、航空自衛隊[[バッジシステム]]への[[ハッキング]]と電波妨害で作り出された仮想状況に過ぎなかったのである。